Burundi ilundwa kama ufalme ulioongozwa na Watutsi waliotawala Wahutu. Lakini kabla ya ukoloni mipaka kati ya makundi hayo haikuwa imara mno; Wahutu matajiri katika utumishi wa mwami waliweza kupanda ngazi na kuwa Watutsi na pia Watutsi maskini waliweza kushuka ngazi na kuhesabiwa kati ya Wahutu, hasa baada ya kuoa au kuolewa na mtu wa upande mwingine. Uhusiano wa makundi hayo ulifanana zaidi na ule wa matabaka si wa makabila tofauti, pia kwa sababu lugha ilikuwa moja kwa wote.
Utawala wa kikoloni uliimarisha mipaka kati ya makundi hayo mawili maana kila mtu aliandikishwa na kupangwa katika moja kati ya makundi hayo. Pia Wabelgiji walipendelea Watutsi na kuangalia wapate nafasi zote za uchifu ambako walipaswa kutoa kibali. Kuhamia katika kundi lingine kulikwisha. Uhusiano kati ya makundi ulianza kufanana zaidi na ukabila.
Mwishoni mwa ukoloni Wabelgiji walibadilisha msimamo na kupendelea Wahutu.
Katika hali hiyo Burundi ilikaribia uhuru. Vyama vya siasa viliundwa vilivyofuata ugawaji wa kimbari kati ya Watutsi na Wahutu. Mapigano ya kwanza kati ya Wahutu na Watutsi yalitokea mwaka 1959 kabla ya uhuru yakakomeshwa na Wabelgiji.
Baada ya uhuru katika Burundi, kinyume na Rwanda, utawala ulibaki upande wa Watutsi kwa sababu jeshi lilikuwa mikononi mwao. Vipindi vya mashambulio kati ya vikundi vilifuata.